Un’antica tradizione, sulla cui attendibilità gli studiosi non sono concordi, vuole che la chiesa sia stata edificata sulle rovine di un tempio pagano dedicato a Ercole, il cui culto era molto diffuso nell’Agira dell’antichità. Quasi certo è, invece, che in questo luogo in epoca bizantina esisteva una chiesa dedicata a Santa Sofia con una cappella dedicata a San Sebastiano.
Riedificata nelle forme attuali intorno al 1215, al tempo di Federico II, fu dedicata a San Sebastiano; in seguito, però, in segno di riconoscenza verso la regina Margherita, moglie di Martino II, che aveva elargito una cospicua somma per il restauro, venne intitolata a Santa Margherita. L’aspetto odierno è conseguente ai lavori di restauro eseguiti dopo i gravi danni provocati dal terremoto dell’11 Gennaio 1693: nel 1697 fu ultimata la copertura a volte, nel 1721 il campanile e nel 1766, su progetto dell’architetto Giovanni Battista Vaccarini, il transetto e le absidi. La cupola, rimasta purtroppo priva del rivestimento esterno, venne progettata nel 1799 da Stefano Ittar.
È la chiesa più grande di tutta la diocesi di Nicosia. La pianta, a croce latina, è divisa in tre navate da due ordini di colonne (quattordici in tutto) con capitelli in stile corinzio. La navata centrale e il presbiterio sono lunghi complessivamente 73 metri; le due navate laterali, fino al transetto, misurano 30 metri. La volta della navata centrale è alta 29 metri e la cupola 45.
Il maestoso prospetto neoclassico fu realizzato alla fine del XIX secolo.
Tra le opere di rilevante valore artistico si segnalano:
• l’altare maggiore, del XVII secolo, molto bello, tutto rivestito da miniature in oro su vetro;
• l’altare del Sacramento, con sei colonnine reggenti la cupola del tempietto in marmo di Sicilia, la croce della mensa di agata e il resto in granito d’Egitto;
• l’altare dell’Immacolata, con la bellissima statua del napoletano Giuseppe Picano (sicuramente uno dei manufatti più belli che si possono ammirare nella chiesa) conservata in una monumentale edicola di legno, opera di Ignazio Leone (1810);
• alcuni quadri del Seicento, tra i quali la Misericordia di scuola siciliana della metà del secolo, Santa Maria Maddalena di scuola veneziana e l’Addolorata e i quattro Evangelisti di Ovidio Sozzi;
• il coro ligneo in stile rinascimentale, realizzato da Giovanni Battista Li Volsi e dal figlio Stefano;
• il pulpito, molto bello, in legno intagliato, con le statue dei Santi Protettori delle Parrocchie di Agira, risalente alla fine del secolo scorso;
• il bel portale settecentesco di gusto barocco attraverso il quale si accede alla sacrestia, dove si possono ammirare gli splendidi armadi artisticamente scolpiti da Paolo Guglielmazzi di Enna nella seconda metà del XVIII secolo.
Nella chiesa ogni anno si celebrano con particolare solennità le ricorrenze del Corpus Domini, dell’Immacolata Concezione e di Santa Lucia.(Ins. Salvatore Rocca)